培养富集宏基因组追踪婴儿早期菌群：母乳与肠道共享 20 株可培养菌

学术圈重大事件 · 发布 2026-08-20T21:40:00+08:00 · 更新 2026-08-20T21:42:41+08:00

核心结论

npj Biofilms and Microbiomes 8 月 20 日发表纵向培养富集宏基因组研究，覆盖婴儿出生后前六个月。14 种培养基平均恢复肠道菌群的 54% 物种、69% 亚种和 82% 菌株层级，并覆盖物种层面 93% 的相对丰度。研究识别出阴道分娩和剖宫产婴儿中分别 31 和 26 株持续存在菌株，以及母乳和婴儿肠道共享的 20 株菌。共享不等于传播，样本规模和因果方向仍需核验。

发生了什么。 npj Biofilms and Microbiomes 8 月 20 日发表一项母乳与婴儿肠道可培养微生物的纵向研究。以往早期生命微生物组多依赖不经培养的宏基因组测序，能看到群落组成，却不一定获得可复苏菌株；这限制了功能实验、菌株保存和益生菌候选验证。团队在出生后前六个月反复采集婴儿粪便和母乳，结合 14 种培养基与宏基因组组装，追踪可培养部分的形成、持续和共享。

关键细节。 相较于粪便的非培养测序，培养体系平均恢复了 54% 的物种、69% 的亚种和 82% 的菌株层级多样性，并覆盖物种层面 93% 的相对丰度。不同培养基对阴道分娩与剖宫产婴儿肠道微生物的总体恢复能力没有显著差异，但剖宫产组的可培养 Bacteroides 和 Bifidobacterium 减少，Citrobacter、Klebsiella 和 Veillonella 增多。培养富集还改善了宏基因组组装，尤其是母乳样本。

持续与共享。 研究把至少在两个时间点出现定义为持续存在，识别出阴道分娩婴儿中的 31 株和剖宫产婴儿中的 26 株持续菌株；前者在门水平分布更广。母乳和婴儿肠道样本之间共有 20 株可培养菌。对微生物组研究者，这些活菌和更完整的组装基因组提供了从关联研究走向功能实验的入口，也可能帮助筛选适合婴幼儿健康研究的菌株资源。

还需观察。 在母乳和肠道中发现同株菌不能单凭此证明从母亲到婴儿的传播，仍需更高分辨率的变异、采样时间与家庭环境对照。培养条件会偏向能在给定培养基和氧条件下生长的成员，“可培养比例”也随协议改变。剖宫产相关差异可能受抗生素、喂养方式和医院环境混杂；是否影响健康结局，需要更大队列和干预研究，而不能直接据此推荐特定益生菌。

信息来源

• npj Biofilms and Microbiomes 论文页面

可信度说明

来源为 npj Biofilms and Microbiomes 同行评议论文；培养恢复比例、分娩方式差异、持续菌株数和 20 株共享菌均来自作者摘要。纵向设计增强了时间信息，但共享菌株不等于传播链，培养基选择、样本量和喂养及抗生素等混杂因素限制外推；论文未证明任何菌株具有临床益生效果。

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