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大黄鱼首个雄性无缺口 T2T 基因组补齐 X/Y 性染色体，为性别性状和精准育种提供参考
学术圈重大事件 · 发布 2026-08-15T10:40:00+08:00 · 更新 2026-08-15T10:40:20+08:00
核心结论
Scientific Data 8 月 15 日发布闽东大黄鱼雄性 T2T 基因组，整合 Nanopore 超长、PacBio HiFi 和 Hi-C，组装 747.28 Mb、contig N50 31.79 Mb，并分离 X/Y 性染色体。23 条常染色体和两条性染色体两端均识别端粒；着丝粒由六类富集转座元件与 Cen-42 高阶重复构成。BUSCO 完整度 99.6%、注释 29,933 个基因，但单一群体参考不能替代性别决定基因功能验证。
Scientific Data 8 月 15 日上线大黄鱼雄性端粒到端粒（T2T）参考基因组。大黄鱼是东亚重要海水养殖鱼类，既有参考主要来自闽东、南海和岱衢等地理群体的雌性个体。缺少高质量 XY 雄性参考，会让 Y 染色体特异序列、性别决定机制及雄雌差异性状研究留下结构空白。
团队整合 Oxford Nanopore 超长读长、PacBio HiFi 和 Hi-C 测序，构建闽东群体雄性基因组。总组装长度为 747.28 Mb，contig N50 为 31.79 Mb，并实现 X、Y 性染色体的 T2T 组装和单倍型分离。23 条常染色体及两条性染色体的两端均识别到 TTAGGG 端粒重复，说明主要染色体边界已闭合。
着丝粒分析发现，DNA MULE、LTR Gypsy、DNA CMC-EnSpm、RC Helitron、LTR ERV1 和 DNA TcMar-Tc2 六类主要转座元件显著富集，其中各类总拷贝的 76.19%—93.42% 位于着丝粒；它们与 42 bp 串联重复 Cen-42 共同形成高阶重复结构。组装的 BUSCO 完整度为 99.6%，碱基质量值超过 QV59.75，并注释出 29,933 个蛋白编码基因。
该资源可支持 Y 特异序列、性染色体演化、性别偏倚生长或抗病性状研究，也为分子标记和精准育种提供更完整坐标。但它仍来自特定闽东群体和有限个体，不能代表全部养殖与野生遗传多样性；高质量结构也不等于已经确认性别决定基因。后续需用不同群体雄性样本验证 Y 区域，结合表达、遗传分离和功能实验识别真正影响性别与生产性状的位点。
信息来源
可信度说明
来源为 Scientific Data 同行评议数据论文的未编辑早期版本，可核验三类测序、747.28 Mb、N50 31.79 Mb、全部染色体端粒、着丝粒转座元件富集、BUSCO 99.6% 与 29,933 个基因。参考来自特定群体和有限样本，资源质量不能替代性别决定机制的功能验证。
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