上营养健康所 / `MBE`：现代人祖先近灭绝瓶颈不再只是算法争议，`FitCoal` 用百亿次溯祖模拟把群体史与化石证据重新对齐
学术圈重大事件 · 发布 2026-07-07T08:37:22+08:00 · 更新 2026-07-08T14:36:40+08:00
中国科学院上海营养与健康研究所 `2026-07-06` 发布的官方稿与 `Molecular Biology and Evolution` 页面显示，团队用一百亿次溯祖模拟重新校准 `FitCoal` 与 `mushi` 的古人口史重建能力，结果前者在 `215` 个 `SFS` 类别中有 `194` 个与基准完全一致，且能恢复严重群体瓶颈，后者在同条件下未能恢复。这条结果的重要性，在于它让现代人祖先约 `93` 万年前的近灭绝瓶颈更难再被简单归为统计伪影，并把群体遗传、化石和古气候证据重新接到同一叙事里。
据 2026-07-06 的中国科学院官方科研进展稿与 Molecular Biology and Evolution DOI 落地页，这支以上海营养与健康研究所为主的团队，针对此前曾引发争议的人类祖先“严重群体瓶颈”结论，补上了一次更直接的方法学反击。真正值得关注的，不只是又多了一篇古人类群体史论文，而是这项工作把争论焦点从“这个瓶颈会不会只是算法假象”，推进到了“哪一种推断方法更能在严格基准下复原古老群体历史，并与化石和古气候证据对齐”。
整合遗传数据与化石记录证实古人类的严重群体瓶颈（图源：CAS article）
这件事重要，是因为团队先前提出，现代人祖先在约 93 万年前经历过接近灭绝的人口衰减，这一结论一度非常吸睛，但也随即遭遇“可能是统计伪影”的质疑。新工作没有绕开争议，而是把 FitCoal 和 mushi 放到同一条基准线上：以一百亿次溯祖模拟作为 benchmark，比对它们在古老群体历史重建中的速度和精度。按中国科学院官方稿件与 MBE 当前可直接访问摘要，FitCoal 在 215 个 SFS 类别里有 194 个与模拟基准数值完全一致，其余类别偏差也仅为一个世代；mushi 的偏差则高出两个数量级。单核 CPU 上，FitCoal 完成一次期望枝长计算只需 0.00013 秒，远快于 mushi 的 1.29 秒；在含严重瓶颈事件的模拟群体数据上，FitCoal 能检出瓶颈，而 mushi 在同条件下未能检出。
真正把它推到本轮“重大事件”栏的，不只是算法跑得更快，而是这条结果把一段关键的人类演化叙事重新拉回了可讨论区。研究进一步提出，该瓶颈不仅存在于非洲群体，也存在于非洲之外的群体，两者估值没有显著差异；非洲之外群体的估计范围更广，则与走出非洲事件有关。更关键的是，文章把这段瓶颈与多条独立证据重新接上了线，包括非洲化石记录空白期、祖先染色体融合时间、早中更新世剧烈气候转变，以及瓶颈结束后人类祖先脑容量显著上升。换句话说，这条工作不再只是“哪个群体遗传算法更好”，而是在试图把现代人关键表型、新古人类物种形成以及脑演化问题，重新放进同一段人口学断裂期里理解。
它为什么会影响更广的学术圈讨论？第一，这类结果天然跨出单一学科，直接连接群体遗传学、古人类学、古气候与认知演化。第二，它碰到的是“现代人是如何走到今天”的大问题，而不是一条边缘参数修正。第三，如果这段严重瓶颈经由更高精度推断和多源证据交叉支持而站稳，那么后续许多关于 Homo 分化、扩张和关键表型形成的叙事，都需要围绕这段近灭绝窗口重新校正。
边界也必须写清。当前可直接核验的公开细节主要来自中国科学院 2026-07-06 官方科研进展页与 MBE 当前开放的 accepted manuscript / abstract 页面，足以支持“约 93 万年前瓶颈”“194/215 类别完全一致”“0.00013 秒对 1.29 秒”“FitCoal 检出而 mushi 未检出”以及其与化石、古气候线索相互印证这些判断，但这仍然首先是一项模型比较与证据整合研究，不等于已经对古人类真实人口规模做出不可争辩的直接观测。更稳妥的理解是，截至 2026-07-06 16:43 CST，这项工作的关键推进，是让“现代人祖先曾经历严重群体瓶颈”这件事更难再被简单地归为统计假象。
信息来源
可信度说明
证据直接来自中国科学院 `2026-07-06` 官方科研进展页和 `Molecular Biology and Evolution` DOI `10.1093/molbev/msag157` 对应页面。当前可直接核验 `MBE` 页面将论文标记为 `2026-07-02` online published 的 accepted manuscript，并给出 `FitCoal` 与 `mushi` 的对比摘要，包括 `194/215`、`0.00013` 秒对 `1.29` 秒，以及前者可恢复严重瓶颈、后者在相同条件下失败等核心数字。边界在于，当前公开页仍处于 accepted manuscript 阶段，最终排版稿可能有细节修订；同时，瓶颈与化石、古气候证据之间仍属于“相互印证”而非直接观测同一事件。