千年青檀近端粒到端粒基因组只余两个缺口，为特有孑遗树种保护建立参考

学术圈重大事件 · 发布 2026-08-23T04:36:00+08:00 · 更新 2026-08-23T04:40:34+08:00

Scientific Data 整合 PacBio HiFi、Nanopore 与 Hi-C，为中国特有青檀的一株千年古树构建约 689 Mb 的近端粒到端粒基因组：99.88% 序列锚定至染色体，只余两个缺口，BUSCO 完整度 98.6%。资源可支撑分类、演化与遗传保护，但单一个体不能代表物种群体多样性，仍需跨分布区重测序。

Scientific Data 8 月 22 日发布中国特有孑遗树种青檀（Pteroceltis tatarinowii）的高连续性参考基因组，样本来自一株树龄约千年的古树。研究整合 PacBio HiFi、Oxford Nanopore 长读长和 Hi-C 染色质构象数据，得到约 689 Mb 的近端粒到端粒组装。论文与数据说明见 Scientific Data 原始页面，出版记录与摘要见 Crossref。

组装的 contig N50 为 35.0 Mb，99.88% 序列被锚定到染色体，只剩两个缺口；作者还解析了端粒和着丝粒等过去短读长难以处理的复杂区域。注释得到 47,241 个蛋白编码基因，重复序列占 48.37%，其中长末端重复反转录转座子占 18.92%。BUSCO 评估给出的基因组完整度为 98.6%，基因注释完整度为 98.7%，连续性较此前青檀组装有明显提升。

青檀是单型属植物，兼具分类演化、纤维利用和文化价值。高质量参考能帮助研究者定位结构变异、解析其分类位置，并为种质保存和适应性研究提供坐标系；选取长寿古树也可能保留具有保护价值的稀有等位信息。但一株个体再完整，也不能描述整个物种的群体多样性、近交程度和地域适应。把参考基因组用于保护决策前，仍需对不同分布区开展群体重测序、表型和繁殖成功率调查。

为什么重要： 这项资源把青檀基因组从碎片化参考推进到只余两个缺口的染色体级框架，为研究中国特有孑遗树种的演化历史和遗传保护提供基础设施。

信息来源

• Scientific Data｜论文页面
• Crossref｜论文元数据与摘要

可信度说明

数据论文经同行评议，使用三种互补测序与构象技术，并报告锚定率、N50、BUSCO 和重复序列等质量指标；不过参考来自单株千年古树，不能直接代表物种总体遗传多样性，保护和分类结论仍需群体样本及独立组装交叉验证。